Мезогиппус был крупнее эогиппуса, высота в холке у него составляла около 45 см. Ноги его были более длинные, а количество пальцев уменьшилось до трёх. Однако, спина, как и у эогиппуса была такой же выгнутой. У мезогиппуса увеличились и окрепли коренные зубы, с помощью которых он мог пережёвывать жёсткие листья.

Изменения в строении можно отнести на счёт смены среды обитания. Леса отсутпили, и на их месте возникло редколесье с низким кустарником.

Потеря четвёртого пальца и возросшая нагрузка на средний палец - следствия изменения плотности грунта.

Раньше предку лошади приходилось ступать по мягкому ковру из растений тропических лесов, в новой среде обитания почва стала твёрже.

Удлинение ног, скорее всего, произошло за счёт того, что мезогиппусу, в отличие от эогиппуса, приходилось передвигаться по территории большей площади и с большей скоростью.

У мезогиппуса удлиненный череп и шире расставлены глаза, что обеспечивало ему возможность бокового зрения. Все вышеперечисленные изменения выполняли роль защиты от хищников: в новых условиях необходимость в маскировке под окружающую среду отпала, гораздо важнее для самосохранения стала скорость передвижения. В связи с этим изменился окрас животного, постепенно исчезли маскирующие пятна.